Axe H.03 : Maladies infectieuses et environnement

Cet axe concerne les agents pathogènes, les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes et/ou les adaptations et résistances aux antimicrobiens en relation avec l’environnement. Les projets déposés relèveront d’approches intégrées, associant des disciplines des sciences de l’écologie et de l’environnement, de la biologie-santé, et des sciences humaines et sociales. Plus précisément, cet axe de recherche couvre les domaines suivants :

• l’ensemble des agents pathogènes des hommes, des animaux et des plantes quelle que soit leur nature (bactéries, virus, parasites, champignons, algues et agents non conventionnels), en considérant notamment leur biologie et leur écologie;
• les modalités de diffusion et de transmission des agents pathogènes (y compris dans l’eau, l’air, les sols, par vecteur…) ; les processus d’évolution et d'adaptation aux changements environnementaux des agents pathogènes et de leurs hôtes et vecteurs ; la dynamique des épidémies en lien avec des modifications de niches environnementales ; les déterminants génétiques et non génétiques de la transmission ; les mécanismes impliqués dans le franchissement de la barrière d’espèce ;

• l'étude des conséquences à long terme de la transmission des pathogènes sur la santé humaine et animale ;
• les mécanismes d’émergence des maladies infectieuses (humaines, végétales ou animales, y compris zoonoses) en lien avec les facteurs environnementaux et anthropiques (comportements, éducation, statut social…) ;
• les méthodes de lutte, de surveillance, de diagnostic et de prévention, d’identification des populations et des zones à risque, de limitation de la diffusion, de préparation au risque épidémique voire pandémique (incluant des procédures standardisées d'échantillonnage et de prélèvement ainsi que le développement d'outils de prévention, de diagnostic, de surveillance et de gestion des ressources médicamenteuses, etc.) ;
• la modélisation des paramètres d’émergence, de diffusion, d’exposition, de transmission ou d'élimination des pathogènes ; la réalisation d’es analyses rétrospectives ainsi que la constitution de bases de données pouvant contribuer à la définition d’indicateurs pour une approche prédictive de l’évolution des épidémies dans le cadre de la veille sanitaire ;
• le développement et l’application de méthodes d’analyse de données massives, notamment à l’aide de l’intelligence artificielle, au contexte des maladies infectieuses émergentes ou ré-émergentes ;
• les résistances aux traitements antimicrobiens, antiparasitaires, antifongiques, insecticides et biocides et leur dynamique d’apparition, de diffusion et de transmission ;
• l'exploration de nouvelles stratégies diagnostiques, préventives et thérapeutiques (nouvelles cibles, nouvelles molécules, etc.) ;
• l’analyse des caractéristiques sociales et économiques des dispositifs de prise en charge des épidémies ;
• l’impact des comportements et pratiques individuelles et collectives sur la transmission des pathogènes et de la résistance aux antimicrobiens ;
• l'intégration du système de soins et des outils de surveillance et de prédiction nationaux avec les outils et dispositifs internationaux ;
• l’organisation et la résilience des systèmes de soin en santé humaine et animale, face aux risques de maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes ;
• le rôle de la société civile et des organisations communautaires, à la fois dans la surveillance/détection des cas et dans les référencements vers les systèmes de santé.

Les recherches fondamentales sur les agents pathogènes animaux (zoonotiques ou non) sont soutenues dans cet axe.

Une demande de cofinancement par la DGOS (Direction générale de l’offre de soins) peut être faite pour les projets de recherche translationnelle incluant un établissement de santé partenaire (Programme de Recherche Translationnelle en Santé, PRT-S).