Axe C.03 : Génétique, Génomique et ARN

Cet axe de recherche couvre les thématiques suivantes : Organisation et dynamique des génomes

• Décryptage des mécanismes impliqués dans la mise en place et le maintien de l’intégrité des génomes, de l’organisation 3D des génomes, et de la chromatine et de ses modifications épigénétiques (rôle des entités géniques, de l'ADN non codant, des éléments transposables, des ARN non codants et des interactions ARN-protéines), y compris en réponse aux conditions environnementales (exposome) ;
• Modélisation et simulation multi-échelles des interactions ADN-protéines et de la structure 3D du génome.

Processus génomiques et régulations :

• Études fines des processus de réplication, réparation, recombinaison, transcription, maturation, traduction et transport des ARN ;
• Régulations et dérégulations transcriptionnelles, post-transcriptionnelles et traductionnelles ;
• Biologie des ARN et épitranscriptomique : impact des modifications des ARN et de leur structure 3D sur l’intégrité des génomes et l’expression génique.

Approches computationnelles de la génomique et modélisation

• Application de l'intelligence artificielle et du machine learning à l'analyse des données “omiques” (génomiques, transcriptomiques, etc.) ;
• Prédiction et modélisation des interactions géniques et ARN-protéines ;
• Prédiction des effets des variants ;
• Approches de biologie des systèmes pour la modélisation de la régulation de l'expression génique.

Épigénétique et plasticité phénotypique :

• Hérédité transgénérationnelle des modifications épigénétiques ;
• Influence des modifications épigénétiques sur la plasticité phénotypique et l'adaptation aux environnements changeants ;
• Impact de l'environnement et du microbiome sur l'épigénome.

Génomique comparative et évolution des génomes :

• Études comparatives des génomes eucaryotes et procaryotes pour comprendre l'évolution des réseaux de régulation ;
• Développement de nouvelles approches pour l'analyse et la caractérisation fonctionnelle des régions non codantes.

Génétique et épigénétique des maladies complexes, approche multi-omique et prévention

• Intégration des approches multi-omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) pour comprendre les maladies complexes et les maladies rares ;

• Développement de stratégies de prévention basées sur la génétique et l'épigénétique, incluant l’identification précoce des risques et les interventions ciblées.

Approches et modèles d'études : Les recherches seront réalisées à l'échelle moléculaire, cellulaire, sur des modèles bactériens, archées, eucaryotes unicellulaires et multicellulaires animaux ou végétaux, ou sur des cohortes de patients et des populations contrôles. Les approches utilisées incluront des méthodes moléculaires, cellulaires, génétiques, de transcriptomique, de protéomique, ainsi que des approches multidisciplinaires pouvant impliquer l’utilisation de la biologie structurale, la biophysique, l’informatique et/ou les mathématiques. Toutefois, les approches interdisciplinaires devront rester au service de l’étude des génomes.

Une demande de cofinancement par la DGOS (Direction générale de l’offre de soins) peut être faite pour les projets de recherche translationnelle incluant un établissement de santé partenaire (Programme de Recherche Translationnelle en Santé, PRT-S).